EMPA hat die folgenden Institutionen im fünften, sechsten und siebten Rahmenprogramm sowie bei anderen internationalen Umweltinitiativen unterstützt:

• Alfred-Wegener-Institut für Polar- und Meeresforschung, Bremerhaven, Deutschland
• BLG Consult GmbH, Bremen, Deutschland – Tochter der BLG Logistics
• CNRS, Roscoff, Frankreich
• Coalition Clean Baltic, Uppsala, Schweden
• Environmental Protection Engineering S.A. (EPE), Piräus, Griechenland
• Europäisches Umweltbüro, Brüssel, Belgien
• GKSS Forschungszentrum, Geesthacht
  
• GEOMAR - Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung, Kiel
• Konsortium Deutsche Meeresforschung (KDM)
• Institut für Kreislaufwirtschaft, Bremen
• MR Regionalberatung, Bremen
• Max-Planck-Institut für marine Mikrobiologie, Bremen
  
• Max-Planck-Institut für molekulare Genetik, Berlin
  
• Netherlands Institute of Ecology (NIOO), Yerseke, Niederlande
• Optimare GmbH, Bremerhaven
• ProSciencia Beratungs-GmbH, Lübeck
• UFZ - Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung
• Universität Göteborg, Sven Lovén Centre, Schweden